Séquençage du génome : la parole à Anne Vincent-Salomon

L’étude publiée le 2 mai par la revue scientifique Nature présente les résultats du travail mené par le consortium international de génomique du cancer (ICGC), notamment le séquençage du génome de 560 tumeurs du sein.

Qu’est-ce que cela veut dire ? Pourquoi s’agit-il d’une avancée fondamentale ? Quelles en sont les implications ?

Anne Vincent-SalomonPour mieux comprendre nous avons interviewé le Dr. Anne Vincent-Salomon, responsable du Pôle pathologie, génétique, immunologie de l’Institut Curie qui participe depuis 8 ans à la collaboration internationale  codirigées par Gilles Thomas (Fondation Synergie Lyon Cancer, France) et Michael Stratton (Welcome Trust, Sanger Institute, UK).

 

Cette étude a séquencé pour la première fois « tout le génome de la tumeur » : qu’est-ce que cela veut dire ?

Tout d’abord, il faut rappeler que les anomalies sont des mutations des gènes, des sortes de « fautes d’orthographes » qui concernent les lettres utilisées, A,T,C,G.

Les fautes d’orthographes ne sont pas toutes pareilles ; parfois il y a une seule lettre qui change et le sens de la phrase reste le même…c’est comme lorsqu’on écrit avec un « e » en plus : c’est une erreur, mais le sens de la phase ne change pas.

D’autre part, il y a des erreurs qui changent le sens de ce qu’on dit ; prenons le mot « pain » et « pin » : il manque une seule lettre, mais le sens change complétement. Ce type de faute correspond aux mutations qui surviennent lors de la fabrication de la protéine.

L’intérêt de cette étude est que cette fois tout le génome de la tumeur a été décodé, les erreurs qui modifient la fabrication de la protéine, et les erreurs que nous ne voyons pas, les fautes d’orthographes qui changent le sens et celles qui ne sont pas visibles.

Les erreurs d’orthographe ne sont pas les seules qui peuvent être commises ; il existe aussi des erreurs de syntaxe : des portions de phrase sont répétées, ou bien elles se trouvent dans le mauvais paragraphe ; dans ce cas, il s’agit de la structure du chromosome qui est modifiée.

Les anomalies de la structure du chromosome produisent des « signatures » ; il s’agit d’anomalies qui sont similaires aux mutations de BRCA1 ou BRCA2 , mais dans ce cas il ne s’agit pas d’anomalies héréditaires, qui concernent le patrimoine génétique transmissible, mais le génome de la tumeur.

Dans la pratique, est-ce que cela signifie qu’il sera possible d’avoir un traitement ciblé pour chaque altération ?

Les résultats de cette étude représentent une grande avancée dans la connaissance des tumeurs du sein, mais leur application concrète n’est pas immédiate…Parfois la recherche n’aboutit pas tout de suite à des traitements, cependant elle est cruciale : si on annule la recherche fondamentale on risque de passer à côté des causes.

Si cette étude permet d’identifier les altérations des gènes impliqués dans le cancer du sein, des questions demeurent intactes : pourquoi il y a-t-il de différentes signatures ? Quelle est la raison pour laquelle l’ADN s’abîme ?

Dans certains cas, il est possible d’identifier une signature, comme, par exemple, l’enzyme APOBEC, mais nous ne sommes pas en mesure d’expliquer les raisons pour lesquelles cette modification a lieu… Quelle en est la cause ? Un rétrovirus ? Nous pouvons émettre des hypothèses, mais nous n’avons pas de réponses…

De même, ils existent des signatures liées à l’âge : mais que fait qu’à un moment de la vie une mutation intervienne ? On bute sur la cause, c’est frustrant et décourageant, et le chemin est long… malgré cela, ce que nous faisons permet de progresser petit à petit, pour mieux comprendre et prévenir plutôt que de soigner.

Ce travail est d’autant plus important que dans le cancer du sein il n’y a pas une seule cause, comme c’est le cas du tabac pour le cancer du poumon. Pour cette raison, il est nécessaire de continuer avec notre recherche ; trop de femmes meurent encore du cancer du sein, et, dans le futur, notre intention est de multiplier les observations, d’analyser d’autres histologiques, de les décrire, de comprendre les causes pour mieux traiter les femmes.

Mille mercis à Anne Vincent-Salomon pour sa disponibilité et pour ses explications !

Date de mise en ligne : 06/08/2016.

Dernière mise à jour : 06/20/2016.

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